Учёный совет является коллегиальным органом управления ФИПИ. В соответствии с п. 3.14. Устава ФГБНУ «ФИПИ» основными функциями Совета являются обсуждение и принятие решений по следующим вопросам: рассмотрение направлений научно-исследовательской деятельности института; обсуждение планов, хода реализации и итогов прикладных научно-исследовательских работ; вынесение рекомендаций Институту и Рособрнадзору по вопросам совершенствования научно-методического обеспечения государственной итоговой аттестации выпускников, освоивших образовательные программы основного общего и среднего общего образования и мониторинга системы общего образования; выдвижение выдающихся научных трудов, результатов научных исследований, изобретений на присуждение наград.

В состав Учёного совета вошли представители Российской академии наук и Российской академии образования, Минпросвещения России и Рособрнадзора, ФГБНУ «ФИПИ», Центра педагогического мастерства Москвы, преподаватели ведущих вузов (Высшей школы экономики (ВШЭ), МГУ им. М.В. Ломоносова, МАИ, МПГУ, РГГУ, РГПУ им. А.И. Герцена, МТУ и др.).